Marka tescil sürecinde Enstitü adına karar alan iki organ mevcuttur. Bu organlar “markalar dairesi başkanlığı” ve “yeniden inceleme ve değerlendirme kurulu”dur. Markalar Dairesi Başkanlığı, diğer görevlerinin yanı sıra marka tescil başvurularının ilgili mevzuat hükümlerine göre kayıt, dosyalama, araştırma, inceleme, değerlendirme ve tescil işlemlerini yapmaktadır. Yeniden İnceleme ve Değerlendirme Kurulu ise sınai mülkiyet haklarının tescil işlemleri ile ilgili olarak Markalar Dairesi Başkanlığı’nın almış olduğu kararlara karşı başvuru sahipleri veya üçüncü kişiler tarafından yapılacak itirazların incelenmesi ve de değerlendirilmesini yapmakla yükümlüdür. Bu kurulun kararları Enstitü’nün nihai kararı niteliğindedir ve bu kararlara karşı Ankara Fikri ve Sınai Haklar Hukuk Mahkemelerinde dava açılabilmektedir.
MarKHK m. 47 uyarınca Enstitü’nün tescil sürecindeki kararlarına itiraz edilebilmesi mümkündür. İtiraz hakkına sahip olan kişiler kurulun kararları nedeniyle zarar gören kimselerdir. İtiraz kararın bildirim tarihinden itibaren 2 içinde yapılır. Markalar Dairesi itirazın haklı olduğuna kanaat getirirse kararını düzeltebilir. Bu, alınan kararla ilgili işlemlere doğrudan taraf olmayan kişilerin itirazı halinde uygulanmaz.
Markalar Dairesi Başkanlığı, yapılan itirazı kabul etmezse itirazı herhangi bir yorumda bulunmadan Yeniden İnceleme ve Değerlendirme Kurulu’na gönderir.
Enstitü’nün nihai kararı niteliğini taşıyan kararı niteliğini taşıyan kurulun itiraza ilişkin kararın bildirim tarihinden itibaren 2 ay içinde ihtisas mahkemelerinde dava açılabilir. Yargıtay’ın yerleşik uygulamasına göre, itirazda bulunan kurul kararına karşı açacağı davada itiraz dilekçesinde ileri sürdüğü sebeplerle bağlıdır(Yargıtay HGK E.2003/11-578, K.2003/703, T.19.11.2003, Yargıtay 11. HD E.2003/1241, K.2003/6759 T.23.06.2003).
Haklarında idari prosedür içerisinde itiraz yolu tüketilmemiş, bir diğer ifadeyle itiraz yoluyla Yeniden İnceleme ve Değerlendirme Kurulu’nın önüne taşınmamış Enstitü kararlarına karşı “doğrudan” dava açılması mümkün değildir.
Kurulun kararlarına karşı açılacak olan davaların konusu kural olarak “tesis edilen işlemin iptalidir.” Ancak başvurunun marka bülteninde yayınlanması sonrasında üçüncü kişiler tarafından kabul edilmesi ya da başvurunun reddine ilişkin Markalar Dairesi Başkanlığı’nın kararına yönelik itirazın kurulca reddedilmesi olasılıklarında markanın tescilinin istenip istenemeyeceği hususundaki tartışmalara Yargıtay 11. HD E. 2001/15627, K.2001/18669 T.5.11.2001 tarihli kararıyla istenebileceğini içtihat etmişsede başta Yasaman olmak üzere doktrindeki yazarlar istenemeyeceğini(Yasaman Marka Hukuku Şerhi C.II. S.946) ifade etmiştir ve şuandaki uygulama istenemeyeceği yönündedir.
Zira, dava idari işlemin iptaline ilişkindir ve prosedüre kaldığı yerden devam edilmesi gerekmektedir.
